現在、木曽森林管理署管下の蓄積は1870万平方メートルあります。このうち、檜（天然・人工合計）は約4割を占めています。
木曽檜林は先人たちの手が入ることで形成されてきた森林ですが、300年以上が経った現在、いくつかの課題があります。
林内に後継樹が全く生育しておらず、林床を胸たけ以上の濃いササが覆い、今の状況では、今後とも天然更新が困難と見通されます。
地域によってはササの薄い箇所もあるものの、更新しているのは、暗い林内でも旺盛に生長するヒバ（アスナロ）の稚樹ばかりといった状況にあります。
一方、保護林に指定し、保存に努めてきた木曽檜林では、近年、点々と枯死木が発生し、周囲に枯死が広がりつつあります。
このように、木曽檜林は、今後、上層木の衰退が進行する一方で、自然状態では更新が期待できず、こ のままでは木曽檜林の永続的な維持が危ぶまれる状況にあると考えています。